En 1990 , Flare Technology (société fondée par Martin Brennan et John Mathieson financée par Atari) ont déclaré qu'ils pourraient faire une console non seulement supérieure à la Sega mégadrive ou à la Super Nintendo mais qu'en plus elle pourrait être rentable. Atari accepta immédiatement et la machine fut lancée en 1993 pour 250 £ avec un accord de construction de 500 millions de dollars avec IBM .

Ce système 64 bits a fait sa campagne publicitaire sur sa supériorité par rapport aux systèmes 16 bits existants. Si au départ les ventes ont été bonnes, elles ont rapidement décliné faute de bons jeux. Le système de programmation était difficile d'accès pour les développeurs, et le matériel contenait de nombreux bogues, notamment un qui stoppait les processeurs avec un code spécifique exécuté en mémoire. Les sorties de la Sony PlayStation et de la Sega Saturn , ont été mortelles pour la Jaguar.

Dans un dernier effort pour sauver la Jaguar, Atari a essayé de faire valoir que parmi ces trois consoles, seule la Jaguar était 64 bits, causant une controverse (en effet, pour certains, les deux processeurs 64 bits de la Jaguar n'étaient rien de plus que des accélérateurs graphiques) : son GPU était 32 bits et son CPU 16 bits. Cependant, cette tentative désespérée fut inutile : la Jaguar termina rapidement sa courte carrière.

Beaucoup de périphériques avaient été annoncés, comme un modem vocal ou un casque de réalité virtuelle, mais seuls quelques-uns furent effectivement construits : le Jaguar CD (un lecteur de CD) et le JagLink , un système de réseau entre deux consoles.